科技体制改革的主要特点是：
第一，科研院所制度需要按照现代院所制度加以理顺。从解决科技经济两张皮的目标和促进科技为经济建设服务的目标看，我们的科技体制改革目标已经大致完成。但由于相关的制度改革没有到位，虽然以建立符合社会主义市场经济要求的科技体制作为我们建设的重要目标，但在实施执行中，在“摸着石头过河”和缺乏经验的前提下，一个研究单成为一个重要的经济单位。一个研究单位有了非常多的目标和体制。因此，我们有了“一院两制”，高校的“教育、科研和产业”三条腿走路的口号。甚至一个研究单位出现了几种制度———事业单位制、企业制、公益类制多种制度并存的局面。科学目标和市场目标紧密地联系在一起，国家的目标与单位的目标难以区分。体制改革的一个目标是要放活研究所，使它在科技发展中发挥更积极的作用，但研究所的作用在现实中被削弱。扩大研究所管理的自主权是改革的一个重要措施，但在实施执行中，由于国家宏观管理体制改革的滞后，政府职能没有实行重大转变，研究所的微观管理依然受到各种限制。由于事业费减少，项目经费又由课题组掌握，造成研究所资金严重短缺，整体实力下降，甚至难以维持日常工作的开展。研究所的整体功能在下降，研究机构协调进行重大项目的成本增加，从事重大项目的能力在下降。
第二，国家宏观科技管理体制的协调机制需要加强。过去的科技体制改革，主要是针对科研院所和高校的科技人员，而国家宏观科技管理体制改变不多。如国家对科技投入的机制，主要是通过国家科技计划实现，30年没有多大变化。现有的科技预算和投入体制，使国家综合部门、产业部门和公共事业部门，都有权利独立地提出国家的科技计划。
